O R é um software livre, de código fonte aberto e funciona em diversos sistemas operacionais (Linux, Windows e MacOS). O usuário interage com o R pela linha de comando. Essa interação pode ser facilitada por meio de uma interface gráfica. Nesse curso será utilizado o RStudio que também é multiplataforma.
A seguir descreve-se como instalar o R no Linux Ubuntu. A forma de instalação do R no Linux tenta ser mais didática do que prática. Alguns comandos linux básicos serão utilizados, mas mesmo quem não é usuário linux será capaz de entendê-los.
O R pode ser instalado a partir dos binários pré-compilados ou do código fonte. Aqui, descreve-se a instalação do R a partir dos binários
A forma de instalar o R no Windows é baixar o binário executável da Rede Abrangente de Arquivos do R (CRAN). Depois clicar em Download R for Windows e install R for the first time. Quando este tutotial foi escrito a última versão foi a R 4.3.3.
A instalação do R para Windows a partir do executável acima incluirá na instalação uma GUI chamada RGui.exe
, mostrada abaixo.
Interface gráfica do usuário no R para Windows.
Há várias formas de instar o R no Ubuntu, mas geralmente a versão compilada no repositório default do Ubuntu não é a última. Se isso for problema para você então basta executar:
sudo apt-get install r-base
Se você prefere trabalhar com a última versão estável do R, precisamos configurar o Linux Ubuntu para atualizar automaticamente o R. Também uma boa prática definir um diretório para armazenamento dos pacotes utilizados.
O procedimento de instalação requer senha de superusuário do sistema ou de privilégios sudo. Caso não tenha, consulte o administrador do sistema.
Ao utilizar distribuições Linux Ubuntu é importante optar por versões estáveis1. As versões de Suporte de longo prazo (LTS) mais recentes são:
trusty
)xenial
)O R é distribuído na CRAN. Geralmente há duas atualizações ao ano. A versão mais atual é a R version 3.4.4 (2018-03-15). Para que ele seja atualizado automaticamente no Ubuntu precisamos adicionar o repósitório do R mais próximo da nossa região à lista de repositórios do Linux. No nosso caso, o repositório mais próximo é o da UFPR (http://cran-r.c3sl.ufpr.br/).
A lista de repositórios do sistema é armazenada no arquivo /etc/apt/sources.list
. Vamos visualizar o conteúdo desse arquivo. Em um terminal linux (use o atalho Ctr+Alt+t
), digite o seguinte comando:
$ cat /etc/apt/sources.list | head -15
## # deb cdrom:[Ubuntu 14.04.2 LTS _Trusty Tahr_ - Release amd64 (20150218.1)]/ trusty main restricted
##
## # See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
## # newer versions of the distribution.
## # deb http://br.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main restricted
## # deb-src http://br.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty main restricted
## deb http://ubuntu.c3sl.ufpr.br/ubuntu/ trusty main restricted
## deb-src http://ubuntu.c3sl.ufpr.br/ubuntu/ trusty main restricted
## ## Major bug fix updates produced after the final release of the
## ## distribution.
## deb http://br.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates main restricted
## deb-src http://br.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates main restricted
##
## ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## ## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
Para descobrir o nome da versão do sistema operacional, digite na terminal linux o seguinte comando2 :
$ lsb_release --codename | cut -f2
trusty
Precisamos incluir no arquivo sources.list
o repositório da UFPR. Assim o gerenciador de pacotes apt 3 fará a atualização do R quando uma nova versão estiver disponível. Ou seja, você estará utilizando sempre versão mais atual do R.
O endereço do repositório da UFPR será inserido na última linha do arquivo sources.list
usando alguns comandos linux. Essa tarefa requer privilégios de superusuário. Vamos trocar do seu usuário para o superusuário.
$ sudo su
Vamos definir no terminal uma variável com o endereço do repositório e o nome de versão do Ubuntu.
# repos="deb http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu `lsb_release --codename | cut -f2`/"
Note que a variável repos
é uma sequência de caracteres com as seguintes informações:
deb `linkRepositorioSelecionado`/bin/linux/ubuntu `versaoUbuntu`/
O valor da variável repos
é mostrado pelo comando: $repos
. Certifique-se de que a última palavra corresponde ao nome da sua versão Ubuntu.
Para acrescentar essa informação no final do arquivo sources.list
digite no terminal linux:
# echo $repos >> /etc/apt/sources.list
Podemos retornar a sessão de usuário comum (lsi):
# exit
Os arquivos binários do R para Ubuntu na CRAN são assinados com uma chave pública 4 Para adicionar essa chave ao seu sistema digite os seguintes comandos:
$ gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9
e então use essa informação como entrada no apt-key
com
$ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
Se aparecer a mensagem de que a chave pública foi importada, então não há necessidade de executar os comandos abaixo. Mas caso seja impresso alguma mensagem de erro, outra alternativa pode ser usada para obter a chave, via os comandos:
$ gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
$ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
Após fazer as configurações da lista de repositórios e adicionar a chave é necessário fazer a atualização dessa lista (requer poderes de super usuário):
$ sudo apt-get update
Agora, pode instalar o binário do R:
$ sudo apt-get install r-base
Para termos melhor controle sobre os pacotes do R instalados no sistema é recomendado criar um diretório (/home/usuario/.R/libs
) no seu home
. O diretório do home
pode ser obtido com o comando echo $HOME
.
$ mkdir -p `echo $HOME`/.R/libs/
Para informar ao R onde procurar os pacotes que instalamos criamos um arquivo chamado .Renviron
no diretório $HOME
contendo a linha R_LIBS=/home/usuario/.R/libs/
, o que pode ser feito com o comando:
$ R_LIBS=`echo $HOME/.R/libs/`
$ echo $R_LIBS >> `echo $HOME/.Renviron`
Esse caminho fica então visível ao R, o que pode ser verificado executando a função .libPaths()
no console do R.
$ R
No console do R:
> .libPaths()
[1] "/home/hidrometeorologista/.R/libs" "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library"
Para iniciar o R no Ubuntu, digite R
no cursor do terminal:
$ R
A partir desse momento já começamos uma sessão no R. Vamos gerar uma sequência numérica de 1 a 10 e plotá-la.
> 1:10
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> plot(1:10)
Gráfico da sequência de 10 números.
Vamos sair do R sem salvar os dados da seção.
> q(save = "no")
O RStudio é um ambiente integrado de desenvolvimento (IDE) construído especificamente para o R. Existem diversas opções de IDEs para o R. Nesse curso utilizaremos o RStudio. Assim como R pode ser baixado gratuitamente e é multiplataforma. O ambiente do RStudio disponibiliza o console do R, um editor com realce da sintaxe do R, ferramentas para gráficos, navegação de diretórios, manejo do espaço de trabalho, depuração de código e páginas de ajuda do R.
Para instalação da versão do RStudio para Desktop, você precisa saber se seu sistema operacional é 64 ou 32-bit e a versão do Linux Ubuntu. Essas informações podem ser obtidas, respectivamente, pelos comandos:
$ arch
x86_64
$ lsb_release --release | cut -f2
14.04
Se retornar x86_64 sua máquina é 64-bit.
Com essa informação e versão do sistema operacional, siga os seguintes passos:
clique sobre o link da sua plataforma, p.ex.: RStudio x.xx.xxx - Ubuntu 12.04-15.10/Debian 8 (64-bit)
instalar
. Se na versão de seu Desktop não há esta opção ao clicar com botão direito sobre o arquivo instale via terminal5 com os seguintes comandos:$ cd /local/do/arquivo/baixado
$ sudo dpkg -i arquivoBaixado.deb
$ sudo apt-get install -f
Abra o RStudio digitando no terminal:
$ rstudio &
Agora você está pronto para começar a programar em R aproveitando as facilidades que o RStudio oferece.
Próximo: Interface do Usuário
Se o comando lsb_release
não funcionar você precisa instalar o pacote lsb-release
no sistema. Para isso digite no terminal Linux $ sudo apt-get install lsb-release
.↩
o gerenciador de pacotes apt é usado para instalação, atualização e remoção de pacotes em distribuições Debian GNU/Linux.↩
Chave pública de autenticação é um meio alternativo de se logar em um servidor ao invés de digitar uma senha. É uma forma mais segura e flexível, mas mais difícil de ser configurada. Esse meio alternativo de fazer login é importante se o computador está visível na internet. Para saber mais veja aqui.↩
digite ‘Ctrl+Alt+t’ para abrir um terminal no Linux Ubuntu↩