R no modo interativo

Convenção

No texto abaixo as expressões a serem avaliadas no R não serão mostradas com o prompt do R (>) para tornar mais fácil de copiá-las e colá-las na linha de comando do R. O resultado da avaliação das expressões será mostrado precedido do símbolo (#>). Esses valores são os resultados que esperam-se sejam reproduzidos também na sua sessão do R. Por exemplo:

1:5
#> [1] 1 2 3 4 5

Linha de comando do R

No Linux o R pode ser aberto simplesmente digitando em um terminal a letra R.

$ R
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
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  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

A janela com a linha de comando do R apresenta o prompt do R (>). Após este símbolo digitamos os comandos, pressionamos a tecla <enter>, o R interpreta o comando e retorna o resultado. Os comandos digitados na linha de comando são chamados de expressões. Esse é o modo iterativo do R. Portanto a linha de comando é a mais importante ferramenta do R, pois todas expressões são avaliadas através dela.

62 + 38
#> [1] 100

A expressão é avaliada pelo R, o resultado é mostrado, mas o seu valor é perdido.

O número entre colchetes que aparece como resultado da operação (“[1]” no caso acima) indica o conteúdo resultante da operação iniciando na posição 1 desse objeto. O significado dessa informação torna-se mais óbvio quando trabalhamos com objetos maiores, como por exemplo com vetores. Observe os valores nos colchetes para uma sequência de 100 até 1.

100:1
#>   [1] 100  99  98  97  96  95  94  93  92  91  90  89  88  87  86  85  84
#>  [18]  83  82  81  80  79  78  77  76  75  74  73  72  71  70  69  68  67
#>  [35]  66  65  64  63  62  61  60  59  58  57  56  55  54  53  52  51  50
#>  [52]  49  48  47  46  45  44  43  42  41  40  39  38  37  36  35  34  33
#>  [69]  32  31  30  29  28  27  26  25  24  23  22  21  20  19  18  17  16
#>  [86]  15  14  13  12  11  10   9   8   7   6   5   4   3   2   1

O elemento [18] da sequência de 100 até 1 é o número 83.

Pode ocorrer da expressão digitada na linha ser muito extensa e ir além de uma linha. Se a expressão estiver incompleta o R mostra um sinal de +.

1 * 2 * 3 * 4 * 5 *
6 * 7 * 8 * 9 * 10
#> [1] 3628800

Execute a expressão abaixo até o sinal de menos e tecle <enter>. Enquanto a expressão não estiver completa o sinal de + se repetirá. Até que você digite o número que deseja subtrair de 4.

4 -
  
  3
#> [1] 1

Expressões em sequência

Podemos executar todas expressões anteriores em apenas uma linha, usando o ponto e vírgula ; para separar as expressões:

62 + 38; 100:1; 1 * 2 * 3 * 4 * 5 *6 * 7 * 8 * 9 * 10; 4-3
#> [1] 100
#>   [1] 100  99  98  97  96  95  94  93  92  91  90  89  88  87  86  85  84
#>  [18]  83  82  81  80  79  78  77  76  75  74  73  72  71  70  69  68  67
#>  [35]  66  65  64  63  62  61  60  59  58  57  56  55  54  53  52  51  50
#>  [52]  49  48  47  46  45  44  43  42  41  40  39  38  37  36  35  34  33
#>  [69]  32  31  30  29  28  27  26  25  24  23  22  21  20  19  18  17  16
#>  [86]  15  14  13  12  11  10   9   8   7   6   5   4   3   2   1
#> [1] 3628800
#> [1] 1

As expressões também podem ser separadas por uma nova linha (<enter>) entre cada um delas.

62 + 38
#> [1] 100
100:1
#>   [1] 100  99  98  97  96  95  94  93  92  91  90  89  88  87  86  85  84
#>  [18]  83  82  81  80  79  78  77  76  75  74  73  72  71  70  69  68  67
#>  [35]  66  65  64  63  62  61  60  59  58  57  56  55  54  53  52  51  50
#>  [52]  49  48  47  46  45  44  43  42  41  40  39  38  37  36  35  34  33
#>  [69]  32  31  30  29  28  27  26  25  24  23  22  21  20  19  18  17  16
#>  [86]  15  14  13  12  11  10   9   8   7   6   5   4   3   2   1
1 * 2 * 3 * 4 * 5 *6 * 7 * 8 * 9 * 10
#> [1] 3628800
4-3
#> [1] 1

Comentários

No R, a cerquilha # (hashtag) é um caracter especial. Qualquer coisa após esse caracter será ignorada pelo R. Somente as expressões antes da # são avaliadas. Por meio desse símbolo de comentário podemos fazer anotações e comentários no código sem atrapalhar a interpretação das expressões pelo R.

 17 + 3 # adicionando 17 e 3
#> [1] 20
# A expressão abaixo será ignorada 
# 10 + 4

Auto preenchimento de funções

O R inclui o preenchimento automático de nomes de funções e arquivos por meio da tecla <tab>. Uma lista de possíveis funções que começam com as letras inicialmente digitadas aparecerão.

read#<tab> pressione <tab> para ver as opções de comandos que iniciam com o termo read

R no modo não interativo (Batch)

O uso da linha de comando do R é conveniente durante a análise de dados. Mas para algumas tarefas digitar cada comando pode se tornar incoveniente.

Por exemplo, você precisa visualizar graficamente os padrões de variaçao temporal de três variáveis meteorológicas antes e após a passagem sistemas meteorológicos precipitantes. Para esse propósito você precisará ler os dados da estação meteorológica (EM) que estão armazenados em um arquivo, fazer algumas conversões de unidades, plotar o gráfico com as séries temporais das variáveis e salvá-lo em um arquivo pdf.

Suponha que você precise repetir esse processo para outras EM. Com o R, assim como em outras linguagem de programação, há uma forma de rodar um conjunto de comandos em sequência e salvar os resultados em um arquivo. Isso é possível através do modo Batch, ou seja a execução dos comandos sem inciar o R e sem a intervenção manual. Esse modo facilita a automatização de tarefas. Nesse caso, alterando apenas a variável que define o nome do arquivo da estação meteorológica, podemos reaplicar os mesmos comandos para outra EM.

Por exemplo, para rodar um suposto script gera_graficos.R, sem ter que abrir o R e digitar os comandos para fazer o gráfico, utilizaríamos o comando:

$ R CMD BATCH gera_graficos.R

Podemos criar um arquivo texto chamado script1.R e digitar todos comandos dessa aula nele.

$ cd /home/lsi/nomealuno
$ gedit script1.R &

Copie os comandos abaixo num arquivo novo criado no gedit ou outro editor de texto do Linux.

62 + 38
1:100
1 * 2 * 3 * 4 * 5 *6 * 7 * 8 * 9 * 10
4-3
## salvando um gráfico da sequência de 1 a 100 em um arquivo pdf
pdf("plot_script1.pdf") # cria e abre um arquivo pdf
 plot(1:100)            # faz o gráfico
dev.off()               # fecha o arquivo pdf

Rode o R em modo Batch informando o nome do script.

$ R CMD BATCH script1.R

O R rodará os comandos dentro do arquivo especificado script1.R e criará um arquivo de saída chamado script1.Rout com os resultados. Você também pode especificar o nome daquele arquivo de saída. Por exemplo vamos salvar o arquivo de saída como saida_script1_aDataDeHoje.log

$ R CMD BATCH script1.R saida_script1_`date "+%y%m%d"`.log

Para mais informações sobre rodar o R na linha de comando do Linux digite no terminal $ R --help.

Rodando script de dentro do R

No modo iterativo, ou seja pela linha de comando, também é possível rodar comandos no modo Batch através da função source().

source("R/script1.R")


notas de aula da aula2 estão disponíveis aqui


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