Pour extraire tout le code source R ayant servi à générer les résultats d’un document compilé avec R Markdown, utiliser la fonction purl du package knitr. Cette fonction sert à extraire tous les chunks de code R présents dans un fichier .Rmd et à les rassembler dans un fichier .R dans le dossier où se trouve votre fichier .Rmd.
Par exemple, supposons que tout votre travail est contenu dans le fichier Exercice_2.Rmd , mais qu’on vous demande seulement de fournir le code source R de votre travail.
Vous pouvez appeler la fonction purl directement depuis l’invite de commande R :
library(knitr)
purl("C:\\Chemin\\vers\\le\\fichier\\Exercice_2.Rmd")en prenant bien soin de remplacer C:\\Chemin\\vers\\le\\fichier par le véritable chemin où se trouve votre fichier.
Plutôt que de saisir cette ligne manuellement à chaque fois que vous compilez votre code source, vous pouvez ajouter un chunk R à la toute fin de votre fichier .Rmd contenant la ligne. Pour ce faire, vous devrez spécifier dans les options du chunk l’option include = FALSE, qui permettra à R d’évaluer la ligne sans afficher quoi que ce soit dans votre travail.
Cette solution rend le tout plus automatique et créera une nouvelle version .R à chaque compilation de la version .Rmd.
Voir le code source de cet énoncé pour un exemple : Enonce_Supp_extraction_code_R.Rmd
Remarque : Tout comme lors de l’exécution manuelle de la fonction purl, vous aurez à changer le chemin d’accès vers le fichier .Rmd.